大阪星光学院には複数の学内外施設がある。まず、学内には聖トマス小崎研修館がある。中学1年時には1週間ここで全員参加の合宿が行われ、ここから学校に通う。また、
阪神・淡路大震災時には家の全半壊した生徒が緊急に利用したこともあった。一方、学外施設として
和歌山県に
南部学舎を、
長野県に
黒姫山荘をそれぞれ有しており、勉強や登山・スキー合宿が積極的に行われている。また、太平洋に面する南部学舎ではかつて遠泳が行なわれていた。しかし、サメやクラゲが観測されるなど安全性が確保しにくくなったため、近年は行われていない。